医学院“基础医学”学科，自2005年组建基础医学部起，从以教学为主，逐渐步入教学、科研、服务地方并重的发展轨道。学科与多方合作，建有“湖州市转化医学重点实验室”“浙江省媒介生物学与病原控制重点实验室”等科研平台，使得基础研究与临床医疗之间的联系更加紧密。团队由基础医学、临床医学、卫生统计等不同学科、专业背景、工作岗位人员构成，有利本学科在基础与临床、理论与实践的交叉、渗透、融合。学科整合资源，组建了“社区认知障碍人群认知功能维护与健康管理团队”、“行为神经科学科学研究团队”、“炎症与免疫团队”、“药理学与毒理学团队”、“癌症的靶向治疗药物研发和个性化治疗研究团队”、“慢性非传染性疾病防治研究团队”等六个创新团队，近年来，主持国家自然科学基金项目8项，省部级科研项目15项，市（厅）级和校级科研项目近30项；指导大学生各级各类科研创新项目40余项，发表论文50余篇。
基础医学部下设6个教研室，5个实验室，现有专任教职工29人，其中专任教师21人，实验技术人员8人。