口腔医学学科创建于1995年，2000年开始高等口腔医学教育，历经多年来的医教研协同发展，学科建设初具规模与特色。学科包括口腔基础医学、口腔临床医学两个二级学科及口腔修复学、牙体牙髓病学、牙周病学、口腔颌面外科学等多个研究方向。其中，口腔修复学为湖州市临床医学重点学科、湖州市医学重点支撑学科，口腔医学为湖州市重点学科、校一般学科。现建有一所学科齐全的直属附属口腔专科医院暨国家级口腔医学专业住院医师规范化培训基地以及省内外数十余个实践教学教学基地，拥有具备先进综合模拟教学类设备的校内专业实验教学中心。
学科建有口腔基础医学、口腔临床医学两个基层教学组织，拥有“双师型”专任教师15人，其中高级职称8人，另有临床兼职教师十余人；受聘于国家、省专业学术组织8人，省级高校教学指导委员会1人。通过多年来的建设与发展，在学科、教学、临床、科研各方面稳步提升，为培养应用型人才、学科建设、服务地方等作出了积极的贡献。